El VHE es un virus sin envoltura con una cápside icosaédrica de 27 a 34 nm de diámetro, que contiene un ARN de polaridad positiva de 7,2 kb, y que representa el prototipo del género Hepevirus dentro de la familia creada recientemente Hepeviridae.
Tiene una diversidad genética considerable: se han identificado cuatro genotipos en mamíferos (genotipos de 1 a 4) y un genotipo en aves. Recientemente, se han identificado dos nuevos genotipos, sin relación con los anteriores, en conejos y ratas.
Los genotipos 1 y 2 solo se encuentran en los seres humanos, mientras que los genotipos 3 y 4 se encuentran en los seres humanos y varias especies de animales: cerdos domésticos, jabalíes, ciervos y conejos.
La secuenciación del genoma y de los aminoácidos permite distinguir tres grupos de VHE en mamíferos. El primer grupo corresponde a virus que infectan humanos, cerdos, jabalíes, ciervos y conejos. En este grupo se incluyen los genotipos de 1 a 4, así como nuevos genotipos de jabalíes y conejos. El segundo grupo corresponde a los virus que infectan ratas y hurones, y el tercero a virus que infectan murciélagos.