El virus de la hepatitis E (VHE) es un virus RNA sin envoltura con una cápsida icosaédrica de 27 a 34 nm de diámetro, que representa el prototipo del género Hepevirus dentro de la familia Hepeviridae.
El VHE tiene una diversidad genética considerable. Se han identificado siete genotipos en total. Los genotipos 1 y 2 solo están presentes en humanos, mientras que los genotipos 3 y 4 están presentes tanto en humanos como en cerdos domésticos, jabalíes, ciervos y conejos. El genotipo 7, el más raro, infecta a los camellos, y también se ha asociado a un caso humano.
La secuenciación del genoma y los aminoácidos permite distinguir a tres grupos de VHE en mamíferos. El primer grupo corresponde a virus que infectan a humanos, cerdos, jabalíes, ciervos y conejos. En este grupo, se incluyen los genotipos 1 a 4, así como nuevos genotipos de jabalíes y conejos. El segundo grupo corresponde a los virus que infectan a ratas y hurones, y el tercero, a los virus que infectan a murciélagos.
La dosis infectiva en seres humanos se desconoce. Los datos experimentales en animales permiten estimar una dosis de 105,5 copias del genoma por vía oral.