En general, es tracta d’una malaltia que remet espontàniament que normalment dura unes poques setmanes. Després d’un període d’incubació d’entre 2 i 6 setmanes, apareixen els símptomes d’una hepatitis aguda amb febre, nàusees i malestar generalitzat, seguit de vòmits, dolor abdominal, anorèxia i hepatomegàlia. El 40% dels pacients presenten icterícia. Hi ha una mortalitat notable en dones embarassades i persones que pateixen una hepatopatia prèvia. S’han descrit casos de cronicitat associats amb el genotip 3, però no a altres genotips.

A banda dels símptomes hepàtics clàssics, el VHE també provoca trastorns extrahepàtics: síndromes neurològiques, danys renals, pancreatitis i problemes hemàtics.

Tot i que no acostuma a ser greu, en dones en el tercer trimestre de l’embaràs pot ser-ho (les taxes de mortalitat són entre el 15% i el 25% en països del Tercer Món). Les dones embarassades amb hepatitis E moren per problemes obstètrics, com ara hemorràgies, eclàmpsia o fallida hepàtica. Cal recordar, però, que aquests casos fulminants en dones embarassades es produeixen sobretot en països en vies de desenvolupament endèmics a la infecció com ara l’Índia, el Pakistan o el Nepal. Aquest fet sembla indicar que l’elevada mortalitat pot ser causada per l’existència de genotips més virulents (G₁ i G₂) ―prevalents al Tercer Món― que no pas altres (G₃ i G₄) ―habituals a Occident. La circumstància d’un entorn poc salubre també hi té una influència decisiva. Una altra conseqüència de les infeccions en el tercer trimestre de l’embaràs és l’elevat nombre d’avortaments, de naixements prematurs i d’increment de la mortalitat en els nounats que han contret la infecció del VHE congènitament.

La malaltia és més freqüent en adults joves i de mitjana edat (de 15 a 40 anys). Les dones embarassades hi són excepcionalment sensibles. Les persones immunodeprimides corren el risc que es cronifiqui el procés.

Els veterinaris, grangers i treballadors d’escorxadors i carnisseries tenen un grau d’exposició al VHE més elevat en comparació de persones sanes que no treballen amb animals. S’ha comprovat serològicament.

Augmenten els casos d’hepatitis E en els països industrialitzats, inclosos els Estats Units i Europa. Els estudis de seroprevalença en els Estats Units i Europa informen d’una prevalença d’entre l’1% i el 25% dels anticossos del VHE. Quan afecta persones sanes poden passar desapercebuts. Bàsicament, corresponen als genotips 3 i 4. Acostuma a tractar-se de casos esporàdics i no sol haver-hi grans brots. La prevalença de l’hepatitis E és molt baixa a casa nostra, però els VHE es troba de forma molt prevalent en porcs, senglars cèrvols i conills i s’ha descrit la transmissió de la infecció per consum de carn.

En el Sistema d’alerta ràpida per a pinsos i aliments de la Comissió Europea (RASFF), d’ençà el gener de l’any 2000 els virus han estat els protagonistes en 249 ocasions. Majoritàriament norovirus i el virus de l’hepatitis A, i força menys mesura l’echovirus i el calicivirus. No hi ha hagut cap notificació relacionada amb el VHE, potser perquè no hi ha cap norma que n’estableixi el control de manera expressa. Tampoc hi ha cap mètode estandarditzat per detectar-lo.

Diversos estudis realitzats indiquen que, el VHE amb capacitat infectiva es detecta en els fetges de porc que es comercialitzen en una proporció elevada: es detecta entre l’1 a l’11% de les mostres. El consum de fetge cru o poc cuit seria la principal via de contagi. A França, s’ha associat el consum de figatelli (salsitxa crua i seca de porc a base de fetge) amb diversos casos clínics. No s’han descrit casos clínics a partir d’altres productes de carn crua de porc: pernil, salami, llonganissa, sobrassada, xoriço.