Clostridium difficile es un bacilo grampositivo, anaerobio estricto y formador de esporas, ampliamente distribuido en el medio ambiente, incluyendo el suelo, y también en el tracto intestinal de las personas. Las esporas de este microorganismo son extremadamente resistentes y pueden sobrevivir durante meses e incluso años en condiciones ambientales adversas.
La dosis infectiva de C. difficile varía según la susceptibilidad individual y el estado de salud de cada persona. Se calcula que entre el 3% de los adultos sanos y hasta el 66% de los lactantes pueden estar colonizados por esta bacteria sin presentar síntomas. Esta colonización asintomática es un factor clave en la transmisión del patógeno.
Respecto a los factores intrínsecos, el pH óptimo para el crecimiento de C. difficile y la producción de toxinas se encuentra entre 6,5 y 7,0, aunque el rango de crecimiento se encuentra entre 6 y 7,5. La temperatura óptima de crecimiento es de 37°C. C. difficile puede sobrevivir en condiciones de baja actividad de agua.