La alimentación, especialmente de los productos de la pesca, es la principal vía de exposición del hombre a estos compuestos. La EFSA estableció una ingesta diaria tolerable para el PFOS de 150 ng/kg de peso corporal y día teniendo en cuenta los efectos adversos sobre la síntesis de hormonas tiroideas y la concentración de HDL en la sangre en animales de experimentación. También estableció una ingesta diaria tolerable para el PFOA de 1500 ng/kg de peso corporal y día según estudios sobre los efectos adversos en el desarrollo de las crías de animales de experimentación. No existen límites en alimentos en la UE 1.

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La Agencia Internacional para la Investigación del Cáncer (IARC) determinó en 1999 que el BPA no era clasificable por su carcinogenicidad en humanos (Grupo 3).

La Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) realizó en 2006 una primera evaluación del riesgo por BPA, estableciendo una ingesta diaria tolerable (IDT) de 50 µg BPA/kg peso corporal/día. Este mismo organismo reevaluó el riesgo por BPA en 2015, estableciendo una ingesta diaria tolerable provisional (IDTP) de 4 µg/kg de peso corporal/día.

En el año 2023, considerando los nuevos datos científicos disponibles, la EFSA reevaluó nuevamente el riesgo del BPA y estableció una nueva IDT de 0,2 ng BPA/kg peso corporal/día, que es 20.000 veces inferior a la IDTP establecida en el 2015.

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En los alimentos, el riesgo asociado a los productos fitosanitarios proviene de su utilización inadecuada, que puede dar lugar a la presencia de residuos en cantidades superiores a las permitidas en los productos tratados, en los animales alimentados con estos productos y en la miel producida por las abejas expuestas a estas sustancias, o de la utilización de sustancias prohibidas.

Los residuos son los restos de la utilización de un producto fitosanitario, incluidos sus metabolitos y los productos resultantes de su degradación o reacción.

La Unión Europea (UE) regula el uso de fitosanitarios mediante la evaluación de la toxicidad de las sustancias activas que contienen. En base a esta evaluación se establece un límite máximo de residuos (LMR), que es la concentración máxima legal permitida de residuos de plaguicidas (expresada en mg/kg) en alimentos y piensos. El informe anual de la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) muestra un elevado nivel de cumplimiento de los niveles de residuos de fitosanitarios en los productos alimenticios comercializados en la UE.

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El género Aspegillus crece en un intervalo de temperatura comprendido entre 12 y 37 °C, se asocia a climas cálidos y tropicales, y se detecta sobre todo en alimentos almacenados.

El género Penicillium crece en un intervalo de temperatura más bajo (4-31 °C) y con una actividad de agua de 0,80, por lo que puede contaminar alimentos producidos en climas templados y fríos, especialmente cereales y derivados.

Las ocratoxinas se producen de forma natural, siendo la más representativa la ocratoxina A (OTA), ya que es la más frecuente y, a la vez, la más tóxica. Esta suele encontrarse simultáneamente con la presencia de ocratoxina B (OTA declorada) y ocratoxina C (OTA etilada).

La OTA presenta una resistencia elevada a la acidez y a las altas temperaturas, y normalmente resiste, de una u otra forma, a la mayoría de los procesos productivos. Por tanto, puede estar presente en alimentos destinados al consumo humano, y se requieren temperaturas superiores a 250 °C durante varios minutos para reducir la concentración de estas toxinas.

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Las micotoxinas se pueden clasificar por su estructura química y origen biológico en policetoácidos, terpenos, ciclopéptidos y metabolitos nitrogenados. Desde un punto de vista agroalimentario y sanitario, los grupos de micotoxinas más importantes son las aflatoxinas (AF), la ocratoxina A, la patulina, las fumonisinas, la zearalenona, el deoxinivalenol, y las toxinas T-2 y HT-2.

Estas micotoxinas se pueden generar durante el desarrollo del cultivo o posteriormente, durante la cosecha o el almacenaje. Estos hongos pueden crecer en los alimentos en determinadas condiciones de humedad y temperatura.

La ingesta, inhalación o absorción cutánea de micotoxinas puede producir enfermedad o incluso la muerte. Algunos organismos internacionales como la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) y la Agencia Internacional de Investigación sobre el Cáncer (IARC), entre otros, han publicado informes y estudios sobre la toxicidad de las diferentes micotoxinas tanto a corto como a largo plazo, estableciendo valores de referencia toxicológicos.

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La Agencia Internacional de Investigación sobre el Cáncer (IARC) el año 1993 clasificó las aflatoxinas del grupo B₁ y G₁ como cancerígenas para los humanos (grupo 1) y la aflatoxina M₁ como posiblemente carcinógeno para los humanos (grupo 2B).

La Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) el año 2020 estableció un BMDL10 de 0,4 µg/kg de peso corporal/día para la incidencia de carcinoma hepatocelular por la aflatoxina B1 como valor de referencia.

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Los alérgenos se pueden encontrar en los alimentos elaborados como resultado de la utilización de algún ingrediente o coadyuvante tecnológico alimentario con capacidad alergénica. También pueden estar presentes en el producto final como resultado de una contaminación cruzada producida durante el proceso de elaboración del alimento.

No existe un límite por debajo del cual una persona susceptible no pueda desarrollar una reacción alérgica.

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En el año 2001, la Agencia Internacional para la Investigación sobre el Cáncer (IARC) clasificó el hexaclorobenzeno como posiblemente carcinógeno para los humanos (grupo 2B).

La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha establecido una ingesta diaria admisible de 0,16 µg/kg de peso corporal y día, en base a los efectos cancerígenos, a partir de la cual ha establecido un contenido máximo de 1 µg/l de agua de consumo humano.

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El plomo se presenta principalmente de forma inorgánica en el medio ambiente. La exposición humana es principalmente por vía alimentaria y a través del agua, pero también por vía respiratoria y a través del polvo. En el medio ambiente, el plomo inorgánico predomina sobre el plomo orgánico y es también el único tipo que se encuentra en los alimentos.

El riesgo para la salud  de la exposición al plomo a través de la dieta ha sido evaluado en varias ocasiones. El Comité Mixto de Expertos en Aditivos Alimentarios (JECFA) estableció en 1972 una ingesta semanal tolerable provisional (ISTP) de 50 μg/kg de peso corporal para adultos para todas las fuentes de plomo. En 1986 este mismo organismo estableció una ISTP de 25 µg/kg de peso corporal para niños. En 1996 el JECFA reevaluó el riesgo del plomo para la salud y confirmó la ISTP de 25 µg/kg de peso corporal para niños, extendiéndola también a toda la población, independientemente de su edad.

En 2010 el JECFA, junto con la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA), concluyó que la ISTP de 25 µg/kg de peso corporal ya no era apropiada para asegurar la protección de la salud, dado que causaba una disminución de 3 puntos en el cociente intelectual en niños e incrementaba significativamente la presión sanguínea en adultos. El JECFA y la EFSA indicaron que los datos no permitían identificar una concentración por debajo de la cual no se produjera ningún efecto adverso. Por tanto, no es posible establecer una ingesta tolerable recomendada de plomo, por lo que determinaron diversas dosis de referencia (BMDL) en adultos y niños:

• Neurotoxicidad en niños (BMDL): 0,5 µg/kg de peso corporal/día (EFSA); 0,3 µg/kg de peso corporal/día (JECFA).
• Nefrotoxicidad en adultos (BMDL): 0,63 µg/kg de peso corporal/día (EFSA).
• Efectos cardiovasculares en adultos (BMDL): 1,5 µg/kg de peso corporal/día (EFSA); 0,3 µg/kg de peso corporal/día (JECFA).

La Agencia Internacional de Investigación sobre el Cáncer (IARC) clasificó en 2004 el plomo inorgánico como probablemente cancerígeno para los humanos (grupo 2A), mientras que determinó que el plomo orgánico no era clasificable en cuanto a su carcinogenicidad (grupo 3).

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La toxicidad del mercurio depende de la forma química en la cual es presente: las formas orgánicas son más tóxicas que la forma elemental (metal) o en sales inorgánicas. El metilmercurio (CH₃Hg⁺) es la forma más tóxica de los compuestos orgánicos.

La Agencia Internacional para la Investigación sobre el Cáncer (IARC) clasificó en 1993 los compuestos de metilmercurio como probablemente carcinógenos para los humanos (grupo 2B) y dictaminó que el mercurio y sus compuestos inorgánicos no se pueden clasificar por su carcinogenicidad (grupo 3).

El Comité Mixto FAO/OMS de Expertos en Aditivos y Contaminantes Alimentarios (JECFA) estableció en 2004 una ingesta semanal tolerable provisional (ISTP) para el metilmercurio de 1,6 µg/kg peso corporal / semana. La Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) realizó una nueva evaluación en 2012 con los últimos datos científicos disponibles, y estableció una ingesta semanal tolerable (IST) para al metilmercurio de 1,3 µg/kg peso corporal / semana.

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