Clostridium difficile és un bacil grampositiu, anaerobi estricte i formador d’espores, àmpliament distribuït en el medi ambient, incloent el sòl, i també en el tracte intestinal de les persones. Les espores d’aquest microorganisme són extremadament resistents i poden sobreviure durant mesos i fins i tot anys en condicions ambientals adverses.
La dosi infectiva de C. difficile varia segons la susceptibilitat individual i l’estat de salut de cada persona. Es calcula que entre el 3% dels adults sans i fins al 66% dels lactants poden estar colonitzats per aquest bacteri sense presentar símptomes. Aquesta colonització asimptomàtica és un factor clau en la transmissió del patogen.
Respecte dels factors intrínsecs, el pH òptim per al creixement de C. difficile i la producció de toxines es troba entre 6,5 i 7,0, tot i que el rang de creixement es troba entre 6 i 7,5. La temperatura òptima de creixement és de 37°C. C. difficile pot sobreviure en condicions de baixa activitat d’aigua.